La fondazione della congregazione fu il frutto di un’intuizione dello ieromonaco Nilo Borgia, giunto da Piana degli Albanesi a Grottaferrata, e delle sorelle Elena e Agnese Raparelli.

Nel 1920 padre Nilo aveva riaperto a Mezzojuso, in provincia di Palermo, l’antico monastero di San Basilio, fondato da monaci cretesi nel 1648. In quel periodo, egli comprese che esistevano le condizioni per realizzare il progetto che da tempo aveva in mente, vale a dire istituire una famiglia religiosa per l’apostolato in mezzo alle famiglie greco-bizantine.

Le sorelle Raparelli (che, in religione, presero i nomi di Macrina e di Eumelia), native di Grottaferrata, giunsero a Mezzojuso da Roma l’8 luglio 1921 e le prime nove sorelle della Congregazione delle Suore Basiliane Figlie di Santa Macrina emisero la loro professione dei voti il 30 luglio 1930.

La Congregazione fin dalla nascita si prefisse di essere lievito tra i cristiani d’Oriente e le comunità italo-albanesi ed italo-greche, con le opere, la preghiera, la testimonianza e l'amore preferenziale per ì più poveri.

L’istituto ricevette il pontificio decreto di lode nel 1972, circa due anni dopo la morte, avvenuta il 26 febbraio 1970, di Madre Macrina Raparelli. Oltre che in Sicilia, Calabria e Lazio, la Congregazione è presente anche in Albania, Cossovo ed India. La sede generalizia si trova a Grottaferrata, nei pressi di Roma.